1、 血液及骨髓标本的采集 应在病人发热初期或发热高峰时采样，要选择在抗生素药物治疗之前；血液采集应以静脉为主，特殊情况可采动脉血，必须防止污染。
2、 脓汁标本的采集 对采集标本的部位，应先用生理盐水洗涤病灶表面的污染菌；对皮肤粘膜也应充分消毒；所采用的器材均应无菌。
3、 痰标本的采集 主要用自然咯痰法、气管镜下采集法，胃内采痰法、气管穿刺采痰法等。以上这些方法均应无菌操作，而且所采集标本应能代表病灶部位。
4、 咽部标本采集 拭子应是木制，将咽拭子越过舌根到咽后壁悬雍垂的后侧。反复涂抹数次，但拭子要避免接触口腔和舌粘膜。
5、 粪便标本的采集 有自然排便采样法和直肠拭子采样法两种。自然排便后可挑取脓血粘液部分的粪便2～3g，液体粪便取絮状物，盛标本的容器要干净，最好无菌。
6、 中断尿标本的采集 女性用导尿管采集虽然可以减少感染，但是多次重复导尿可以造成逆行性感染。因而，近年来，大多采用中段尿，只要防止污染，可达到采样目的，男性中段尿相对污染机会少。
7、 脑脊液标本的采集 严格无菌操作，收取脑脊液3～5ml，盛于无菌试管中。
8、 胆汁标本的采集 一般采用十二指肠引流法、胆囊穿刺法及手术采样法等。无论采用哪种方法，均应立即送检。
9、 穿刺液标本的采集 一般包括胸水、腹水、心包液、关节液及鞘膜积液，采量为2～5ml。将穿刺液盛于含有抗凝剂的试管中，充分混合后，立即送检。
10、 空气采样
a) 沉降法 根据检出目的菌的特征，选用相关的培养基。室内采样根据面积大小分为五点、中央一点方式采样，将平皿盖打开暴露5～10min盖好。
计算公式：
每em3空气中的细菌数＝N×l00／A×5／t×l000／10=500000N／At
A=所用平皿面积(cm3)
t＝平皿暴露于空气中的时间
N=经培养后每个平皿生长的平均菌落数
b) 滤阻法 根据检出目的菌特征，选孔径为0.2—0.4μm的可溶性微孔滤膜，负压采样计算cm3空气中的菌数。
c) 冲击法 常用液体冲击采样器，这种采样器结构简单，对大小是1μm的粒子可捕获95％以上。
11、 湿化瓶内液体标本的采集 一般用硝酸纤维膜过滤采集，可达到集菌目的，过滤的水可供检查毒素或病毒之用。
12、 活体组织标本的采集 取代表病灶的部位，无菌手术取样，盛于无菌容器内。
13、 气管镜洗液标本的采样 要取肺细胞洗液为宜，数量根据病情而定，但最少不能少于2ml。
14、 涂抹采样 一般指室内物品表面、输液、输氧管道接头及人体服装外部等。用无菌棉拭子浸入2～5ml无菌生理盐水中，取出后涂抹表面及接头处(2～15cm2)，将棉拭子放回无菌生长盐水中备用。
